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Fue fundado en 1950 bajo el nombre de Club de Fútbol Barcelona Juvenil. Posteriormente participó en el primer campeonato oficioso de Cataluña de fútbol femenino, celebrado en la temporada 1971-72 bajo el nombre de Peña Femenina Barcelonista, y disputó la final de la Copa Pernod ante el R. C. D. Espanyol. Después, encadenó cinco victorias consecutivas, la última frente al Atlético de Madrid en El Madrigal (1-0, para colocarse lÃder del campeonato por primera vez en su historia. Su principal función, además de defender los intereses de sus asociados, es la organización del Campeonato Nacional de Liga en la categorÃa profesional (Primera y Segunda División) en coordinación con la RFEF. El Director Técnico designado para esta primera experiencia en la división de honor fue José Julián «Pepito» Hernández, quien dirigió una plantilla integrada por algunos jugadores de la selección nacional y refuerzos extranjeros brasileños surgidos de la cantera del Fluminense. Para la temporada 2023-24 se renueva a José Bordalás consiguiendo mantener holgadamente la categorÃa finalizando en el duodécimo puesto con 43 puntos (diez victorias, camisetas fútbol trece empates y quince derrotas). Puntualmente, en la temporada 1925-26 adoptó una indumentaria totalmente blanca. En la primera temporada se consiguió la clasificación directa para disputar la Europa League 2017-18, y en competencias europeas, una eliminación prematura en los play-off de Liga de Campeones ante el AS Mónaco (que serÃa la revelación del torneo), le valió al equipo castellonense participar en la Europa League, en donde caerÃa eliminado por la AS Roma en dieciseisavos de final.
El club comienza la década en Segunda con buen pie alcanzando el tercer puesto en la temporada 60-61. En la 63-64 consigue quedar 2.º y juega la promoción a Primera, pero la pierde contra el Real Oviedo. En sus inicios el Villarreal mantuvo una rivalidad con el Club Deportivo Burriana, ya que además de ser ciudades vecinas, solÃan jugar en la misma categorÃa. En la décima jornada llegarÃa otra derrota, esta vez frente al Valencia C. F. por (1-3), con una sensacional actuación de Mustafi que hizo un doblete. Tras haberse proclamado campeón de la UEFA la temporada 20-21 el Villarreal disputa la UEFA Champions League consiguiendo superar la fase de grupos acabando en segunda posición, por debajo del Manchester United y por encima del Atalanta B. C. y Young Boys para más tarde superar la eliminatoria de octavos frente a la Juventus en una histórica eliminatoria que finalizó con un global de 4-1 a favor del conjunto castellonense. La temporada 1998-99, entrenado por Santiago MartÃn Prado «Pradito», consigue la primera posición en fase regular en el grupo I de Segunda División B. Jugó la fase de ascenso contra el Baracaldo C. F., Real Murcia, y Sevilla F. C. «B» quedando primero y subiendo a la Segunda División por segunda vez en su historia.
La ida en el Estadio de la Cerámica sorprendió con un marcador de 1-0. En la vuelta en el Allianz Arena, el equipo alemán anota un tanto poniendo las tablas en el marcador global, pero el Villarreal consigue superar al Bayern marcando en el minuto 88′, colocando el marcador global en 1-2 a favor del submarino amarillo y colándose en las semifinales de la Champions por segunda vez en su historia. A continuación, pasó por una mala racha que comenzó con la derrota en el Ciutat de Valencia ante el Levante U. D. (1-0) y se prolongó con resultados como el empate en el Estadio de Gran Canaria (0-0), la derrota en casa ante el Celta de Vigo (1-2) o el desastre de El Alcoraz (3-2) ante la S. D. Huesca en dieciseisavos de la Copa del Rey. Esta temporada en la Primera División de España 2014-15 empezó bien para el conjunto castellonense que venció en la primera jornada por (0-2) al Levante U. D. en el Estadio Ciutat de Valencia, sin embargo, en la segunda jornada cayó derrotado ante el F. C. Barcelona por (0-1) con un gol del canterano Sandro RamÃrez al que le llegó rechazado el balón tras un disparo de Lionel Messi.